Files | Settings | Editor | File Encoding
PHP스톰에서는 여타 에디터에서처럼 인코딩을 설정할 수 있는데 좀 더 세부적으로 설정할 수 있네요.
IDE Encoding Project Encoding Default encoding for profperties files
기본 인코딩을 utf-8로 지정했다 하더라도 해당 프로젝트에서 다른 인코딩을 사용하고 있으면 프로젝트 인코딩 설정이 우선 적용됩니다.